A rede natura 2000 é a principal diretiva a atuar em Portugal Continental com o objetivo de proteger e conservar vários habitats e aves.
O território da Serra da Lousã é abrangido pela Rede Natura 2000 a fim de preservar habitats onde as espécies autóctones são o Carvalho-Roble (Quercus robur), o Carvalho-Negral (Quercus pyrenaica) e o Castanheiro (Castanea sativa). No entanto, com o avanço do tempo estas vêem o seu território a ser dominado pela Acácia Mimosa (Acacia Dealbata) e pelo Eucalipto (Eucalyptus globulus).A rede natura 2000 é uma rede ecológica para o espaço comunitário da União Europeia que tem como objetivo promover a biodiversidade através de ações específicas de gestão e conservação da flora, fauna e habitats naturais a longo prazo. Resulta de duas diretivas, a diretiva aves e a diretiva habitats, e corresponde a duas zonas, com finalidades distintas. As Zonas de Proteção Especial (ZPE) (neste momento 31) são zonas criadas ao abrigo da Diretiva Aves, de forma a garantir a preservação das espécies de aves, os habitas e também das espécies de aves migratórias; as Zonas Especiais de Conservação (ZEC) (60 zonas) criadas ao abrigo da Diretiva Habitats, cujo objetivo é contribuir para assegurar a biodiversidade, através da conservação dos habitats naturais e dos habitats de espécies de flora e fauna selvagens.
Apesar do seu estatuto de conservação, segundo Paulo Tenreiro, vigilante da Natureza do ICNF, existem atividades que não respeitam muitas das regras que devem ser obedecidas nestes territórios. O exemplo concreto disso são os desportos como o Motocross e o BTT que geram a poluição residual, que é um sério problema para a ecologia local, nomeadamente ao nível da contaminação das águas (devido aos derrames de óleo) e da atmosfera (resultante da libertação de gases).Também é uma área de conservação de animais ribeirinhos como o Lagarto-de-água (Lacerta schreiberi) e a Salamandra-Lusitânica (Chioglossa lusitanica), visto que é uma zona onde a água é um recurso natural abundante.
Autores, Carla Mesquita; Duarte Belo; Inês Amado; Miguel Santos; Sónia Silva